正相 HPLC 中保留時間可變的原因是保留對高極性流動相成分，尤其是水的含量有很強的依賴性。

即使沒有人為地向流動相中添加水，即使在非常非極性的溶劑中，也總會有少量水溶解。此外，裸二氧化硅極易吸濕，因此水會吸附在表面上。因此，正常相系統中的含水量可能會發生顯著變化，且很少受到控制。正相色譜柱的平衡，特別是在處理裸二氧化硅時，仍然需要數小時。也就是說，極性修飾的固定相，例如氰基、二醇或氨基，通常不太容易發生流動相的水含量變化，并且可以更快地平衡。